Colloquim 2012

発表者・論文・概要
2月20日 Shiwei Zhu

Motaleb MA, et al(2011)
Partridge JD, Harshey RM. (2013)
Lee YY, et al (2013)

Diverse function of FliL in different bacteria:
In different bacteria, FliL has a common character enhancing swarming ability. However, Jun proposed that different orientation of flagella due to absence of FliL results in a defect in swarming. Concerning itself role, there are several understandings.The paper 5 suggest that the FliL is helpful for overcoming friction and facilitating colony hydration during swaring in the Salmonella.
Besides, the paper 6 suggest that FliL is dependent on viscosity and required some extra-gene’s favor in the Proteus.
1月16日 本間 道夫

Sun M, et al(2011)
Nan B, et al (2011)
Jarrell KF, et al (2008)

細菌のgliding運動のミステリアスな運動機構(細胞表面波、フォーカル接合点移動、ムカデの足様運動、尺取り虫様運動、スライムジェット流などの仮説):
粘液細菌と呼ばれるグラム陰性の土壌細菌であるミクソコッカス(Myxococcus xanthus)で、最近、細胞表層をプロトン駆動力でらせんに動くタンパク質があることがわかった。
1月9日 小嶋 誠司

Stefanovic S, et al(2007)
Mariappan M, et al (2011)
Hegde RS, et al (2011)

Tail-anchored(TA)proteinのER膜への挿入の仕組み:
@ TA proteinをER膜へターゲットするシャペロンTRC40の発見
A Get1, Get2とGet3によるTA protein insertionの仕組み(構造と再構成)
B TA protein insertionの総説
(歴史も書かれており、非常にわかりやすい:推奨)
12月12日 大羽 哲也

Uenoyama A, et al(2005)
Sato C, et al (2012)
Miyata M (2010)

マイコプラズマの滑走運動について:
12月05日 米田 拓郎

Kanjee U, et al(2011)
El Bakkouri M, et al (2010)
Dalebroux ZD, et al (2012)

緊縮応答(Stringent Response)とppGpp:
構造から分かった新しいppGppの制御メカニズム

11月21日 西垣 岳彦

Schofield WB, et al(2010)
Ringgaard S, et al (2011)
Yamaichi Y, et al (2012)

コレラで見つかったParAファミリータンパク質を極にアンカーするHubP:
@コーロバクターの染色体分配に関わるParAと関連タンパク質
A走化性因子をリクルートするParC
BParAファミリータンパク質ParA, ParC, FlhGの局在を制御するHubP

11月7日 竹川 宣宏

Ishii A, et al(2004)
Murakami C, et al (2011)

好圧菌(piezophilic bacteria): 高圧条件で酵素などが働くしくみを理解したい。

10月31日 小林 詩織

Arthur JC, et al(2012)
Nougayrède JP, et al (2006 )

腸内細菌叢と大腸ガンの関係

10月24日 岸 孝亮

Fang W, et al(2010)
Behie SW, et al (2012)

植物の根と相互作用する菌:植物と菌との間での栄養のやりとりで共力をする

10月17日 小野 宏樹

Leonard TA, et al(2005)
Murray H, et al (2008)

Sojのconformation変化とDNA複製開始制御:DnaAとの相互作用による制御機構

10月11日 堀田 秀麿

Jain P, et al(2011)
Willhite DC, et al (2004)

Helicobacter pyloriの感染によるミトコンドリアの変化:毒素タンパク質VacAの役割

10月3日 西野 優紀

English MM, et al(2010)
Lugtenberg B, et al (2009)

細菌の植物に対するroot colonizationとhns, biofilmの関係を定量PCRによって調べた

9月26日 森 安梨沙

Rampioni G, et al(2007)
Rampioni G, et al (2012)

Psedomonas putida WCS358のQuoram Sensing RegulatorであるRsaLの機能と構造

7月11日 小嶋 誠司

Wu W, et al(2011)
Park KT, et al (2011)
Park KT, et al (2012)

MinEによるMinD ATPase活性の制御:構造からの解釈
@大腸菌MinD二量体の結晶構造と変異解析
A大腸菌MinD-MinE複合体の結晶構造と変異解析(ターザンモデル)
BMinEによるMinD ATPase活性化機構

7月4日 Shiwei Zhu

Rektorschek M, et al(2000)
Kawakubo M, et al (2004)

Helicobacter pylori infection and host defense:
@ Urel is crucial for acid resistance
A a defense mechanism of our stomach for prevent H.pylori

6月27日 郷原 瑞樹

RKato T, et al(2010)
Tomita M. (2011)
Teule F, et al(2012)

クモの糸:
@ 蚕の発現系
A 遺伝子組み換え蚕は繭の中にタンパクを織り込む
B 遺伝子組み換え蚕は繭の中にクモの糸を織り込む

6月20日 本間 道夫

van Dam V, et al(2007)
Mohammadi T, et al (2011)
Typas A, et al (2012)

ペプチドグリカン合成と分解についての論文を調べてみました。全体像とFtsWがリピッドIIのフリッパーゼではないかという最新の知見を紹介します。論文が多くて、遺伝子も多くて、閉口しました

6月6日 西野 優紀

Morimoto M, et al(2010)
Lertsethtakarn P, et al (2011)

サルモネラ菌べん毛モーターへの固定子の集合には、MotAの細胞内ループ領域に存在する荷電残基が必要である。

森 安梨沙

Nagel G, et al (2003)
Plazzo AP. et al (2012)

Optogenetics toolとして利用されるChannelrhodopsin-2(ChR2)の機能とモデル: ChR2のモデル構造に基づいた変異導入実験により、ChR2内のイオン透過経路やイオン選択性の解析が行われた。

5月30日 小野 宏樹

Balaban M, et al (2011)
Lertsethtakarn P, et al (2011)

両毛性であるC.jejuniにおける細胞分裂の制御:MinDホモログであるFlhGが細胞分裂に関与しているらしい。FlhGの変異でミニセルができる。

堀田 秀麿

Durand-Heredia JM, et al (2011)
Romberg L, et al (2001)

Escherichia coliのFtsZ ring形成に関与する因子ZapC:ZapCはmidcellでFtsZと相互作用している

5月23日 米田 拓郎

Lupp C, et al (2005)
Bose JL, et al (2007)
Miyashiro T, et al (2012)

発光バクテリアVibrio fischeriについていろいろ:発光の制御はquorum-sensingシステムやredox-responsiveシステムによって行われる

5月16日 西垣 岳彦

Daly MJ, et al (2004)
Daly MJ, et al (2007)
Slade D, et al (2011)

放射線耐性菌Deinococcus radiodurans:Mnに依存的に放射線耐性を示し、タンパク質酸化に対する耐性が重要らしいことが示された。高いDNA修復能が重要であることも示されている。

5月9日 大羽 哲也

Kim HE, et al (2005)
Chao Y, et al (2005)
Zou H, et al (2003)

アポトーシスのざっくりとした話:
@アポトソームが活性化型になるには、Apaf-1に結合しているdATPの加水分解及びdADPとdATPの交換が必須。
Aカスパーゼ-9は二量体を形成する事で活性化される(induced proximity model)
Bカスパーゼ-9は下流のカスパーゼ-3のフィードバックによって活性化される。また、カスパーゼ-9活性を抑制するXIAPの結合部位が明らかになった。

5月2日 岸 孝亮 

Dong X, et al (1997)
Zielke N, et al (2006)
Rogulja D, et al (2012)

Drosophilaの細胞周期を制御するrca1とcycA:
@Drosophilaの細胞周期に関わる遺伝子rca1の同定と機能解析
ARca1の持つF-boxドメインに依存的なS-phaseの誘導
Brca1とcycAはDrosophilaの睡眠の制御に関わっている

4月25日 小林 詩織 

Waight AB, et al (2010)
Das P, et al (2009)
Czyzewski BK, et al (2012)

ギ酸/亜硝酸輸送体ファミリーについて:
@ギ酸チャネル(FocA)の結晶構造が解けた
AnirC遺伝子(亜硝酸トランスポーターをコードしている)によってサルモネラに感染したホストのマクロファージにおいてIFNーγによるNO産生が抑制される
B硫化水素イオンチャネルが同定された!!

4月18日 竹川 宣宏 

Whitchurch CB, et al (1998)
Kolodkin-Gal I, et al (2010)
McDougald D, et al (2011)

バイオフィルムのお話:
@クオラムセンシングが、バイオフィルムの形成に関与する
A細胞外DNAがバイオフィルム形成に必要
Bファージがバイオフィルムのライフサイクルとかに必要
CD-アミノ酸がバイオフィルムの分解を引き起こす
DVibrio alginolyticusにおいて、Tat pathwayがバイオフィルム形成とかに必要

4月10日 郷原 瑞樹 

Gao X, et al (2009)
Ma D, et al (2012)
Foster JW. (2004)

胃で生き延びる〜大腸菌の酸耐性〜 アミノ酸アンチポーターの構造決定の洞察:
@Structure and Mechanism of an Amino Acid Antiporter
アミノ酸アンチポーターAdiCの構造
AStructure and mechanism of a glutamate -GABA antiporter
グルタミン酸-GABAアンチポーターGadCの構造
BREVIEW ESCHERICHIA COLI ACID RESISTANCE: TALES OF AN AMATEUR ACIDOPHILE

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